@inproceedings{el-khettari-etal-2023-annotation,
title = "Annotation d{'}interactions h{\^o}te-microbiote dans des articles scientifiques par similarit{\'e} s{\'e}mantique avec une ontologie",
author = "El Khettari, Oumaima and
Quiniou, Solen and
Chaffron, Samuel",
editor = {Boudin, Florian and
Daille, B{\'e}atrice and
Dufour, Richard and
El, Oumaima and
Houbre, Ma{\"e}l and
Jourdan, L{\'e}ane and
Kooli, Nihel},
booktitle = "Actes de CORIA-TALN 2023. Actes de l'atelier ``Analyse et Recherche de Textes Scientifiques'' (ARTS)@TALN 2023",
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pages = "21--26",
abstract = "Nous nous int{\'e}ressons {\`a} l{'}extraction de relations, dans des articles scientifiques, portant sur le microbiome humain. Afin de construire un corpus annot{\'e}, nous avons {\'e}valu{\'e} l{'}utilisation de l{'}ontologie OHMI pour d{\'e}tecter les relations pr{\'e}sentes dans les phrases des articles scientifiques, en calculant la similarit{\'e} s{\'e}mantique entre les relations d{\'e}finies dans l{'}ontologie et les phrases des articles. Le mod{\`e}le BERT et trois variantes biom{\'e}dicales sont utilis{\'e}s pour obtenir les repr{\'e}sentations des relations et des phrases. Ces mod{\`e}les sont compar{\'e}s sur un corpus construit {\`a} partir d{'}articles scientifiques complets issus de la plateforme ISTEX, dont une sous-partie a {\'e}t{\'e} annot{\'e}e manuellement.",
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<title>Annotation d’interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie</title>
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<abstract>Nous nous intéressons à l’extraction de relations, dans des articles scientifiques, portant sur le microbiome humain. Afin de construire un corpus annoté, nous avons évalué l’utilisation de l’ontologie OHMI pour détecter les relations présentes dans les phrases des articles scientifiques, en calculant la similarité sémantique entre les relations définies dans l’ontologie et les phrases des articles. Le modèle BERT et trois variantes biomédicales sont utilisés pour obtenir les représentations des relations et des phrases. Ces modèles sont comparés sur un corpus construit à partir d’articles scientifiques complets issus de la plateforme ISTEX, dont une sous-partie a été annotée manuellement.</abstract>
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[Annotation d’interactions hôte-microbiote dans des articles scientifiques par similarité sémantique avec une ontologie](https://aclanthology.org/2023.jeptalnrecital-arts.4) (El Khettari et al., JEP/TALN/RECITAL 2023)
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