Les données cliniques dans les hôpitaux sont de plus en plus accessibles pour la recherche à travers les entrepôts de données de santé, cependant ces documents sont non-structurés. Il est donc nécessaire d’extraire les informations des comptes-rendus médicaux. L’utilisation du transfert d’apprentissage grâce à des modèles de type BERT comme CamemBERT ont permis des avancées majeures, notamment pour la reconnaissance d’entités nommées. Cependant, ces modèles sont entraînés pour le langage courant et sont moins performants sur des données biomédicales. C’est pourquoi nous proposons un nouveau jeu de données biomédical public français sur lequel nous avons poursuivi le pré-entraînement de CamemBERT. Ainsi, nous présentons une première version de CamemBERT-bio, un modèle public spécialisé pour le domaine biomédical français qui montre un gain de 2,54 points de F-mesure en moyenne sur différents jeux d’évaluations de reconnaissance d’entités nommées biomédicales.

Nous présentons les 3 expériences menées par l’équipe ALMAnaCH - Arkhn et leurs résultats pour le DÉfi Fouille de Textes (DEFT) 2023. Les scores sont encourageants mais suggèrent surtout de nouveaux éléments à prendre en compte pour réussir ce défi. Nous avons exploré différentes approches avec des modèles de tailles variables et modélisé la tâche de différentes manières (classification multi-labels, implication textuelle, séquence à séquence). Nous n’avons pas observé des gains de performance significatifs. Nos expériences semblent montrer la nécessité de l’utilisation de bases de connaissances externes pour obtenir de bons résultats sur ce type de tâche.